Advertisement
ProzacR

pdb ziurejimas

Jan 31st, 2013
355
0
Never
Not a member of Pastebin yet? Sign Up, it unlocks many cool features!
  1. Kaip nurodomos failų grupės:
  2. [] - 1 simbolio alternatyvos išvardintos
  3. * - bet kas bet kokio ilgio
  4. ? - bet koks 1 simbolis
  5.  
  6. 1A08
  7. 1A08_ligand* failuose kelios sulietos liekanos, netgi yra lyg ir baltymo GLU102 tas aprašymas ateina is originalaus pdb.
  8. Aiškiausia palyginus ligand.png su tuo kas yra pdb puslapio paveiksluose. pdb net nenurodytas "ligand chemical component" lygtai ligandų nėra yra tik baltymo cheminė modifikacija.
  9.  
  10. 1A1[BCE]
  11. Tas pats nesutapimas. Originaliam faile įrašyti 3 kovalentiškai sujungti ligandai išimti kartu, bet kaip 3 a.r. liekanos/molekulės. O pdb puslapyje nurodo 0 ligandų 2 baltymo chemines modifikacijas kaip ligando dalis, o 3 ligando dalį - a.r. ignoruoja, supainioja su peptidu.
  12. Pačiuose failuose gal ir gerai, čia gal pdb reiktų taisyti.
  13.  
  14. 1A30
  15. Tripeptidinis ligandas įmaišytas į baltymo struktūrą kaip grandinė C. pdb puslapyje dėl to beveik nieko apie jį nėra. Kol kas buvo neišimtas, bet tiesiog kaip ligandą reikia išimti grandinę C. Taip peptidiniai ligandai visur įmaišyti.
  16.  
  17. 1ADL
  18. Gal ir gerai viskas, tik, kad čia labai įdomus ligando prisijungimas tarp fenolinio -OH ir r.r. -COOH grupių 2.7-3.6 angstremų atstumas.
  19.  
  20. 1AJ6
  21. ligand.png be stereochemijos likęs.
  22. Tai ir apskritai visi(?) ligand.png pametę stereochemiją.
  23.  
  24. 1ANF
  25. Iš straipsnio pavadinimo matosi, kad ligandas yra maltozė. pdb faile originaliam ligandas yra 2xGLC sujungta kovalentiškai, o tai kaip ir gerai, bet pdb puslapyje apačioj ligandas jau yra gliukozė. Tai manau to 2xGLC reiktų vengti, bet gal ir gerai.
  26. ligand.png vel be stereochemijos, na čia kitur net to neminėsiu, nes visur.
  27.  
  28. 1B05
  29. Tik, kad pdb puslapyje "ligand chemical component" yra uranas. Apskritai tas kartojasi masiškai, kad pdb puslapyje pametami ligandai kurie struktūroje yra įtraukti kaip baltymo grandinė. Straipsnio pavadinime: LYS-CYS-LYS. Bet tai failuose sutvarkyta.
  30.  
  31. 1B32
  32.  
  33.  
  34. 1B3F
  35. Čia vėl ligandas yra įdėtas kaip baltymo grandinė b. Be to dalis jo įdėta du kartus. Matomai nenustatė kaip tiksliai jungiasi. *ligand*.pdb failuose taip ir likę, kad dalis struktūros pakartota 2x, reiktų dalį nutrinti ar išvis šito neimti.
  36.  
  37. 1B3G
  38. Blogas ligand.png
  39.  
  40. 1B3L
  41.  
  42.  
  43. 1B40
  44. Blogas ligand.png
  45.  
  46. 1B46
  47. Prastas ligand.png
  48.  
  49. 1B4Z
  50. Blogas ligand.png
  51.  
  52. 1B51
  53.  
  54.  
  55. 1B58
  56. Blogas ligand.png
  57.  
  58. 1B5I
  59. Blogas ligand.png
  60.  
  61. 1B5J
  62. Blogas ligand.png
  63. Čia vis kartojasi tas pats baltymas OPPA su koku nors tripeptidu per visus pdb...
  64.  
  65. 1BEF
  66. Straipsnis atmestas struktūra pašalinta. Tokios nėra.
  67.  
  68. 1BGQ
  69.  
  70.  
  71. 1BVI
  72. Čia toks įdomus variantas kai prie tetramerinio baltymo prisijungia 5 ligandai.
  73. Failuose paimtas 1 atvejis.
  74.  
  75. 1CE5
  76. Sulfatas nuo pagrindinio ligando tik 3.5-3.9 A.
  77.  
  78. 1DIH
  79.  
  80.  
  81. 1DRU
  82.  
  83.  
  84. 1DRV
  85.  
  86.  
  87. 1DRW
  88.  
  89.  
  90. 1E4W
  91. Cl- 3.2-3.7 A nuo ligando.
  92.  
  93. 1E7A
  94. Čia prie 1 baltymo jungiasi 2 ligandai. O taip ir išimta vienam faile du ligandai.
  95.  
  96. 1E7B
  97. Čia vėl originaliam pdb 2 struktūros prie vienos 2 ligandai prie kitos 3. Taip ir nieko nedaryta, tik aplankas yra.
  98.  
  99. 1E7C
  100. Čia vėl nieko nedaryta. Ligandų yra 2 ir jie prisijungę 11 kartų. Gal dėl to.
  101.  
  102. 1ELJ
  103. Ligand.png nelabai išvaizdus, bet pdb puslapyje išvis teigia, kad ligandas yra gliukozė. Nėra ligando pdb su vandeniliais. Nors failų folderiuose visados labai įvairiai.
  104.  
  105. 1FDQ
  106. Blogas ligand.png
  107.  
  108. 1FE3
  109.  
  110.  
  111. 1GZ9
  112. Ligandas nuo kalcio jono ~6 A. Dar reiktų patikrinti straipsnyje iš kur tas kalcis.
  113.  
  114. 1GZC
  115. Tas pats kalcis.
  116.  
  117. 1HIY
  118.  
  119.  
  120. 1HSG
  121. Blogas ligand.png.
  122.  
  123. 1I82
  124.  
  125.  
  126. 1I8A
  127.  
  128.  
  129. IJ84
  130. ligand.png tiesiog klaidingas.
  131.  
  132. 1JET
  133.  
  134.  
  135. 1JEU
  136.  
  137.  
  138. 1JEV
  139. Su visais tais OPPA baltymais yra dar vienas įdomus dalykas, kad nėra jokios ertmės per kurią galėtų prisijungti ligandas. Ligandas yra pilnai baltymo viduje tartum kiaušinio trynys. Atvaizdavus baltymo paviršių ligando visiškai nesimato.
  140.  
  141. 1K1I
  142. Ir vėl ligand.png nesutampa su ligand.pdb.
  143.  
  144. 1K1J
  145. Ir vėl ligand.png nesutampa su ligand.pdb. Sulfatas 3.2-3.3 A prie ligando.
  146.  
  147. 1K1L
  148. Sulfatas 3.0-3.1 A prie ligando.
  149.  
  150. 1K1M
  151. Sulfatas 3.3 A prie ligando.
  152.  
  153. 1K1N
  154.  
  155.  
  156. 1K7T
  157.  
  158.  
  159. 1K7U
  160.  
  161.  
  162. 1KDN
  163. Čia AlF3 pridėta ir tas likęs ligandų pdb failuose. Ligandų pdb failuose dar yra magnio jonų. Tarp AlF3 ir ligando atstumas 2.4-2.9 A. Taip daryta, nes formuoja kompleksą pereinamosios būsenos analogą.
  164.  
  165. 1KZN
  166.  
  167.  
  168. 1LID
  169.  
  170.  
  171. 1LZB
  172. Blogas ligand.png
  173.  
  174. 1NDC
  175. Čia dar magnio jonas kartu jungiasi.
  176.  
  177. 1NDP
  178. Čia dar magnio jonas kartu jungiasi.
  179.  
  180. 1NZL
  181. Nieko nėra tik ligand.png ir tas visiškai blogas. Pažiūrėjus į pradinį pdb tai 2 ligando molekulės jungiasi viena šalia kitos.
  182.  
  183. 1NZV
  184. ligand.png visiškai blogas. Vėl 2 ligando molekulės jungiasi viena šalia kitos. Kaipo ligandas išimta pagalbinė medžiaga tetraetilenglikolis. Jis jungiasi kitoje baltymo pusėje.
  185.  
  186. 1ODI
  187. Tarp ligando ir sulfato 3.3-5.0 A.
  188.  
  189. 1ODJ
  190. Ligandas prie struktūros jungiasi 6x ir visad poroje su sulfatu.
  191. Tarp ligando ir sulfato 3.3-3.3 A.
  192.  
  193. 1OHR
  194. ligand.png blogas.
  195. Pradinis pdb su vandeniliais kurių neturėtų būti.
  196.  
  197. 1OIM
  198. Čia ir kai kur kitur tokie failų pavadinimai: PDB.pdb. Smulkmena, bet .pdb gan.
  199. Nėra ligando be vandenilių.
  200.  
  201. 1PTS
  202. ligand.png blogas.
  203. Daugiau failuose nieko nėra.
  204. pdb puslapyje teigiama, kad ligandas yra batymo P grandinė, bet atsisiuntus pdb ligando nėra!!!???
  205.  
  206. 1QKA
  207. Vėl tas įdomus variantas, kad nėra tos vietos per kurią ligandas galėtų prisijungti. (vėl OPPA balt.)
  208.  
  209. 1QKB
  210. 1 C atomas ligande pakartotas 2 kartus taip ir likę ligand.pdb reiktų pratrinti.
  211.  
  212. 1QY1
  213.  
  214.  
  215. 1QY2
  216.  
  217.  
  218. 1RD4
  219. ligand.png blogas.
  220.  
  221. 1SRE
  222. Ligande į azo grupę pridėta vandenilių reiktų ištrinti.
  223.  
  224. 1SR[GI]
  225. Čia originaliam pdb įdomi struktūra kai prie B grandinės besijungiantis ligandas priskiriamas A grandinei ir atv. Tas nėra atmaišyta failuose, ligandas to pasėkoj nesutapa su baltymu. (atidaryti kartu 1SRG/1SRG_ligandA_h_accelrys.pdb 1SRG/1SRG_proteinA_h_accelrys.pdb, norint pamatyti)
  226.  
  227. 1SRI tas pats.
  228.  
  229. 1SWG
  230. Čia problematiška biotinas jungiasi tarpe tarp dviejų grandinių. 4 grandinės 4 biotinai. Manau galima organizuoti 1 biotino prisijungimo vietą, bet ne taip paprasta. Pridaryta *.dsv failų ne *.pdb.
  231.  
  232. 1T7I
  233. Ligand.png prastas.
  234.  
  235. 1T7J
  236. ligand.png blogas.
  237.  
  238. 1TLG
  239. Ligandas prie Ca2+ jungiasi, gal ir gerai.
  240.  
  241. 1U87
  242. Ligand.png prastas.
  243. Čia tai man patinka originalus pdb. Nors peptidinis ligandas, bet kaip viena molekulė tarp HETATM įrašų. Ligandas tai ne baltymo grandinė.
  244.  
  245. 1U88
  246.  
  247.  
  248. 2BEF
  249. Nėra ligand.png.
  250. Čia jungiasi ADP kartu, komplekse su berilio trifluorido jonu.
  251.  
  252. 2OLB
  253. ligand.png blogas.
  254. Vėl ligandas baltymo grandinė B.
  255.  
  256. 2VCI
  257. Nėra ligand.png.
  258. Nėra ligando su vandeniliais.
  259.  
  260. 2YI0
  261. Nėra ligand.png.
  262. Nėra ligando su vandeniliais.
  263.  
  264. 2YI5
  265. Nėra ligand.png.
  266. Nėra ligando su vandeniliais.
  267.  
  268. 2YI7
  269. Nėra ligand.png.
  270. Nėra ligando su vandeniliais.
  271.  
  272. 3MBP
  273. Ligand.png blogas.
  274. pdb puslapyje irgi neteisingai nurodytas ligandas.
  275.  
  276. 3PTB
  277.  
  278.  
  279. 4RSK
  280.  
  281.  
  282. 6GSP
Advertisement
Add Comment
Please, Sign In to add comment
Advertisement