View difference between Paste ID: xBdwiz7p and LVMa79ch

 Kaip nurodomos failų grupės:
 [] - 1 simbolio alternatyvos išvardintos
 * - bet kas bet kokio ilgio
 ? - bet koks 1 simbolis
 
 1A08
 1A08_ligand* failuose kelios sulietos liekanos, netgi yra lyg ir baltymo GLU102 tas aprašymas ateina is originalaus pdb.
 Aiškiausia palyginus ligand.png su tuo kas yra pdb puslapio paveiksluose. pdb net nenurodytas "ligand chemical component" lygtai ligandų nėra yra tik baltymo cheminė modifikacija.
 
 1A1[BCE]
-Tas pats nesutapimas. Originaliam faile įrašyti 3 kovalentiškai sujungti ligandai išimti kartu, bet kaip 3 a.r. liekanos/molekulės. O pdb puslapyje nurodo 0 ligandų 2 baltymo chemines modifikacijas kaip ligando dalis, o 3 ligando dalį - a.r. ignoruoja, supainioja su peptidu.
+Tas pats nesutapimas. Originaliam faile įrašyti 3 kovalentiškai sujungti ligandai išimti kartu, bet kaip 3 a.r. liekanos/molekulės. O pdb puslapyje nurodo 0 ligandų 2 baltymo chemines modifikacijas kaip ligando dalis, o 3 ligando dalį - a.r. ignoruoja, supainioja su peptidu.
 Pačiuose failuose gal ir gerai, čia gal pdb reiktų taisyti.
-Manau visados geriausia būtų ligandą laikyti kaip 1 molekulę, o ne kaip "ligandinį tripeptidą", kas išeina iš dabartinės pdb struktūros, kad pdb duomenų bazės puslapyje išvis nenurodyti ligandai tik jų fragmentai kaip baltymo cheminė modifikacija. Tik vizualiai matosi, kad GLU102 (nr. 1A08 atv.) yra ligando dalis, o ne peptido.
+
 1A30
 Tripeptidinis ligandas įmaišytas į baltymo struktūrą kaip grandinė C. pdb puslapyje dėl to beveik nieko apie jį nėra. Kol kas buvo neišimtas, bet tiesiog kaip ligandą reikia išimti grandinę C. Taip peptidiniai ligandai visur įmaišyti.
 
 1ADL
 Gal ir gerai viskas, tik, kad čia labai įdomus ligando prisijungimas tarp fenolinio -OH ir r.r. -COOH grupių 2.7-3.6 angstremų atstumas.
 
 1AJ6
 ligand.png be stereochemijos likęs.
 Tai ir apskritai visi(?) ligand.png pametę stereochemiją.
 
 1ANF
 Iš straipsnio pavadinimo matosi, kad ligandas yra maltozė. pdb faile originaliam ligandas yra 2xGLC sujungta kovalentiškai, o tai kaip ir gerai, bet pdb puslapyje apačioj ligandas jau yra gliukozė. Tai manau to 2xGLC reiktų vengti, bet gal ir gerai.
 ligand.png vel be stereochemijos, na čia kitur net to neminėsiu, nes visur.
 
 1B05
 Tik, kad pdb puslapyje "ligand chemical component" yra uranas. Apskritai tas kartojasi masiškai, kad pdb puslapyje pametami ligandai kurie struktūroje yra įtraukti kaip baltymo grandinė. Straipsnio pavadinime: LYS-CYS-LYS. Bet tai failuose sutvarkyta.
 
 1B32
 
 
 1B3F
 Čia vėl ligandas yra įdėtas kaip baltymo grandinė b. Be to dalis jo įdėta du kartus. Matomai nenustatė kaip tiksliai jungiasi. *ligand*.pdb failuose taip ir likę, kad dalis struktūros pakartota 2x, reiktų dalį nutrinti ar išvis šito neimti.
 
 1B3G
 Blogas ligand.png
 
 1B3L
 
 
 1B40
 Blogas ligand.png
 
 1B46
 Prastas ligand.png
 
 1B4Z
 Blogas ligand.png
 
 1B51
 
 
 1B58
 Blogas ligand.png
 
 1B5I
 Blogas ligand.png
 
 1B5J
 Blogas ligand.png
 Čia vis kartojasi tas pats baltymas OPPA su koku nors tripeptidu per visus pdb...
 
 1BEF
 Straipsnis atmestas struktūra pašalinta. Tokios nėra.
 
 1BGQ
 
 
 1BVI
 Čia toks įdomus variantas kai prie tetramerinio baltymo prisijungia 5 ligandai.
 Failuose paimtas 1 atvejis.
 
 1CE5
 Sulfatas nuo pagrindinio ligando tik 3.5-3.9 A.
 
 1DIH
 
 
 1DRU
 
 
 1DRV
 
 
 1DRW
 
 
 1E4W
 Cl- 3.2-3.7 A nuo ligando.
 
 1E7A
 Čia prie 1 baltymo jungiasi 2 ligandai. O taip ir išimta vienam faile du ligandai.
 
 1E7B
 Čia vėl originaliam pdb 2 struktūros prie vienos 2 ligandai prie kitos 3. Taip ir nieko nedaryta, tik aplankas yra.
 
 1E7C
 Čia vėl nieko nedaryta. Ligandų yra 2 ir jie prisijungę 11 kartų. Gal dėl to.
 
 1ELJ
 Ligand.png nelabai išvaizdus, bet pdb puslapyje išvis teigia, kad ligandas yra gliukozė. Nėra ligando pdb su vandeniliais. Nors failų folderiuose visados labai įvairiai.
 
 1FDQ
 Blogas ligand.png
 
 1FE3
 
 
 1GZ9
 Ligandas nuo kalcio jono ~6 A. Dar reiktų patikrinti straipsnyje iš kur tas kalcis.
 
 1GZC
 Tas pats kalcis.
 
 1HIY
 
 
 1HSG
 Blogas ligand.png.
 
 1I82
 
 
 1I8A
 
 
 IJ84
 ligand.png tiesiog klaidingas.
 
 1JET
 
 
 1JEU
 
 
 1JEV
 Su visais tais OPPA baltymais yra dar vienas įdomus dalykas, kad nėra jokios ertmės per kurią galėtų prisijungti ligandas. Ligandas yra pilnai baltymo viduje tartum kiaušinio trynys. Atvaizdavus baltymo paviršių ligando visiškai nesimato.
 
 1K1I
 Ir vėl ligand.png nesutampa su ligand.pdb.
 
 1K1J
 Ir vėl ligand.png nesutampa su ligand.pdb. Sulfatas 3.2-3.3 A prie ligando.
 
 1K1L
 Sulfatas 3.0-3.1 A prie ligando.
 
 1K1M
 Sulfatas 3.3 A prie ligando.
 
 1K1N
 
 
 1K7T
 
 
 1K7U
 
 
 1KDN
 Čia AlF3 pridėta ir tas likęs ligandų pdb failuose. Ligandų pdb failuose dar yra magnio jonų. Tarp AlF3 ir ligando atstumas 2.4-2.9 A. Taip daryta, nes formuoja kompleksą pereinamosios būsenos analogą.
 
 1KZN
 
 
 1LID
 
 
 1LZB
 Blogas ligand.png
 
 1NDC
 Čia dar magnio jonas kartu jungiasi.
 
 1NDP
 Čia dar magnio jonas kartu jungiasi.
 
 1NZL
-ligand.png visiškai blogas. Vėl 2 ligando molekulės jungiasi viena šalia kitos. Kaipo ligandas išimta pagalbinė medžiaga tetraetilenglikolis. Jis jungiasi kitoje baltymo pusėje.
+
 
 1NZV
 ligand.png visiškai blogas. Vėl 2 ligando molekulės jungiasi viena šalia kitos. Kaipo ligandas išimta pagalbinė medžiaga tetraetilenglikolis. Jis jungiasi kitoje baltymo pusėje.
 
 1ODI
 Tarp ligando ir sulfato 3.3-5.0 A.
 
 1ODJ
 Ligandas prie struktūros jungiasi 6x ir visad poroje su sulfatu.
 Tarp ligando ir sulfato 3.3-3.3 A.
 
 1OHR
 ligand.png blogas.
 Pradinis pdb su vandeniliais kurių neturėtų būti.
 
 1OIM
 Čia ir kai kur kitur tokie failų pavadinimai: PDB.pdb. Smulkmena, bet .pdb gan.
 Nėra ligando be vandenilių.
 
 1PTS
 ligand.png blogas.
 Daugiau failuose nieko nėra.
 pdb puslapyje teigiama, kad ligandas yra batymo P grandinė, bet atsisiuntus pdb ligando nėra!!!???
 
 1QKA
 Vėl tas įdomus variantas, kad nėra tos vietos per kurią ligandas galėtų prisijungti. (vėl OPPA balt.)
 
 1QKB
 1 C atomas ligande pakartotas 2 kartus taip ir likę ligand.pdb reiktų pratrinti.
 
 1QY1
 
 
 1QY2
 
 
 1RD4
 ligand.png blogas.
 
 1SRE
 Ligande į azo grupę pridėta vandenilių reiktų ištrinti.
 
 1SR[GI]
 Čia originaliam pdb įdomi struktūra kai prie B grandinės besijungiantis ligandas priskiriamas A grandinei ir atv. Tas nėra atmaišyta failuose, ligandas to pasėkoj nesutapa su baltymu. (atidaryti kartu 1SRG/1SRG_ligandA_h_accelrys.pdb 1SRG/1SRG_proteinA_h_accelrys.pdb, norint pamatyti)
 
 1SRI tas pats.
 
 1SWG
 Čia problematiška biotinas jungiasi tarpe tarp dviejų grandinių. 4 grandinės 4 biotinai. Manau galima organizuoti 1 biotino prisijungimo vietą, bet ne taip paprasta. Pridaryta *.dsv failų ne *.pdb.
 
 1T7I
 Ligand.png prastas.
 
 1T7J
 ligand.png blogas.
 
 1TLG
 Ligandas prie Ca2+ jungiasi, gal ir gerai.
 
 1U87
 Ligand.png prastas.
 Čia tai man patinka originalus pdb. Nors peptidinis ligandas, bet kaip viena molekulė tarp HETATM įrašų. Ligandas tai ne baltymo grandinė.
 
 1U88
 
 
 2BEF
 Nėra ligand.png.
 Čia jungiasi ADP kartu, komplekse su berilio trifluorido jonu.
 
 2OLB
 ligand.png blogas.
 Vėl ligandas baltymo grandinė B.
 
 2VCI
 Nėra ligand.png.
 Nėra ligando su vandeniliais.
 
 2YI0
 Nėra ligand.png.
 Nėra ligando su vandeniliais.
 
 2YI5
 Nėra ligand.png.
 Nėra ligando su vandeniliais.
 
 2YI7
 Nėra ligand.png.
 Nėra ligando su vandeniliais.
 
 3MBP
 Ligand.png blogas.
 pdb puslapyje irgi neteisingai nurodytas ligandas.
 
 3PTB
 
 
 4RSK
 
 
 6GSP