webxak Coockieshell

в тему "критовки" шеленгов.
глянь вот эти пару проектов (не всмысле чтоб прям их юзать, нет, а всмысле почерпнуть может какие-то идеи и заюзать у себя):
http://code.google.com/p/weevely/
https://bechtsoudis.com/webacoo/

несколько док:
https://bechtsoudis.com/hacking/bypass-base64-decoder-detection/
http://www.garage4hackers.com/content/91-webbackdoors-attack-evasion-detection.html
https://bechtsoudis.com/hacking/detect-protect-from-php-backdoor-shells/

посмотри как работают детектолки шелов и юзай недетектируемые методы:
http://ketan.lithiumfox.com/doku.php?id=phpshell_scanner
http://25yearsofprogramming.com/php/findmaliciouscode.htm