#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
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Created on Wed May  9 12:00:04 2018

@author: Lucía
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# MAIN SCRIPT TO COMPUTE DISEASE'S SIMILARITY AND BD INSERTION
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#Creación del objeto para escribir los mensajes informativos y de error en un fichero.

from datetime import datetime
fecha = datetime.now()

file = open('/logs/similarity_main.log','a+')

file.write('\n----------------------------------')
file.write('\nSIMILARITY\n\n'+ str())
file.write('Fecha: ' + str(fecha) + '\n\n')


#Antes de comenzar, hay que conectarse a la base de datos EDSSSDB en MySQL.
import conexion_edsssdb
cnx = conexion_edsssdb.conectar('edsss_usr', 'edsssNewPwd2017', 'sql', '3306', 'edsssdb', file)


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#1. Proceso de creación de la tabla que va a albergar los datos computados de
#   la similitud a distintos niveles de las enfermedades.

import tabla_bio_similarity

tabla_bio_similarity.borrar(cnx, file)
tabla_bio_similarity.crear(cnx, file)


#------------------------------------------------------------------------------
#2. Inserción en la tabla bio_similarity de las combinaciones de IDs  de enfer-
#medades entre las que se va a calcular la similitud.

import enfs_similarity

combinacion_enfs, enfermedades = enfs_similarity.combina_enfs(cnx, file)

#------------------------------------------------------------------------------
#3. Creación de los vectores de cada enfermedad en base a las distintas caracte-
#rísticas biológicas.

# import crea_vectores



# dic_genes, dic_genes_scores = crea_vectores.genes(enfermedades, cnx, file)
# dic_proteinas = crea_vectores.proteinas(enfermedades, cnx, file)
# dic_rutas = crea_vectores.rutas(enfermedades, cnx, file)
# dic_ppis = crea_vectores.ppis(enfermedades, cnx, file)



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#4. Cálculo de las similitudes entre pares de enfermedades en base a los distin-
#tos vectores de características.

# import add_similitaries

# add_similitaries.calcula_inserta(dic_genes, 'genes', combinacion_enfs, cnx, file)
# add_similitaries.calcula_inserta(dic_proteinas, 'prots', combinacion_enfs, cnx, file)
# add_similitaries.calcula_inserta(dic_rutas, 'rutas', combinacion_enfs, cnx, file)
# add_similitaries.calcula_inserta(dic_ppis, 'ppis', combinacion_enfs, cnx, file)