przynajmniej wydaje się że zapisywanie w macierzy działa

#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-

from ctypes import *


# Grafy reprezentowane przy pomocy macierzy sąsiedztwa.
class AdjacencyMatrix64bit:
    # Wyjątek pojawiający się przy próbie konwersji z błędnej reprezentacji tekstowej.
    class G6Error(Exception):
        pass

    # Wyjątek pojawiający się przy próbie stworzenia grafu bez wierzchołków lub posiadającego > 10 wierzchołków.
    class LimitError(Exception):
        pass

    # Tworzy graf o podanej reprezentacji tekstowej (domyślnie: 1-wierzchołkowy graf pusty).
    def __init__(self, text="@"):
        self.__matrix = c_ulonglong(0)
        self.__order = 1
        self.fromString(text)

    # Zwraca liczbę wierzchołków grafu.
    def order(self):
        return self.__order

    # Dodaje do grafu nowy izolowany wierzchołek.
    def addVertex(self):
        if self.__order == 10:
            raise AdjacencyMatrix64bit.LimitError("Graf nie może mieć więcej niż 10 wierzchołków")
        for v in range(0, self.__order):
            self.__matrix.value &= ~(1 << self.__indexInMatrix__(v, self.__order))
        self.__order += 1
        """
        for v in range(self.__order):
            self.__matrix[v] += [False]
        self.__order += 1
        self.__matrix += [[False] * self.__order]
        """

    # Usuwa z grafu wskazany wierzchołek.
    def deleteVertex(self, u):
        if self.__order == 1:
            raise AdjacencyMatrix64bit.LimitError("Graf musi mieć wierzchołki")
        if type(u) != int or u < 0 or u >= self.__order:
            raise ValueError
        #wywala wszelkie krawedzie z tym wierzcholkiem
        for v in range(0, self.__order):
            self.__matrix &= ~(1 << self.__indexInMatrix__(v, u))

        temp = self.__matrix.value
        return

        del self.__matrix[u]
        for v in range(self.__order - 1):
            del self.__matrix[v][u]
        self.__order -= 1

    # Zwraca informację o tym, czy podane wierzchołki sąsiadują z sobą.
    def isEdge(self, u, v):
        return (self.__matrix.value & (1 << self.__indexInMatrix__(u, v))) != 0

    # Dodaje podaną krawędź.
    def addEdge(self, u, v):
        if type(u) != int or u < 0 or u >= self.__order:
            raise ValueError
        if type(v) != int or v < 0 or v >= self.__order:
            raise ValueError
        self.__matrix.value &= (1 << self.__indexInMatrix__(u, v))

    # Usuwa podaną krawędź.
    def deleteEdge(self, u, v):
        if type(u) != int or u < 0 or u >= self.__order:
            raise ValueError
        if type(u) != int or u < 0 or u >= self.__order:
            raise ValueError
        #self.__matrix[u][v] = self.__matrix[v][u] = False
        self.__matrix.value &= ~(1 << self.__indexInMatrix__(u, v))

    # Przekształca reprezentację tekstową grafu w graf.
    def fromString(self, text):
        try:
            t, k = iter(text), 0
            c = ord(next(t)) - 63
            if c < 1 or c > 10:
                raise AdjacencyMatrix64bit.G6Error("niewłaściwa liczba wierzchołków: {0}".format(c))
            self.__order = c
            self.__matrix = c_ulonglong(0)
            for v in range(1, self.__order):
                for u in range(v):
                    self.__matrix.value &= ~(1 << self.__indexInMatrix__(v, u))
            for v in range(1, self.__order):
                for u in range(v):
                    if k == 0:
                        c = ord(next(t)) - 63
                        if c < 0 or c > 63:
                            raise AdjacencyMatrix64bit.G6Error("zakazany znak o kodzie {0}".format(c + 63))
                        k = 6
                    k -= 1
                    if (c & (1 << k)) != 0:
                        self.__matrix.value &= (1 << self.__indexInMatrix__(u, v))
                        #self.__matrix[u][v] = self.__matrix[v][u] = True
        except StopIteration:
            raise AdjacencyMatrix64bit.G6Error("niekompletny napis")
        try:
            c = ord(next(t))
            raise AdjacencyMatrix64bit.G6Error("nadmiarowy znak o kodzie {0}".format(c))
        except StopIteration:
            pass

    # Przekształca graf w reprezentację tekstową.
    def __str__(self):
        text, k, c = chr(self.__order + 63), 5, 0
        for v in range(1, self.__order):
            for u in range(v):
                if (self.__matrix.value & (1 << self.__indexInMatrix__(u, v))) != 0:
                    c |= (1 << k)
                if k == 0:
                    text += chr(c + 63)
                    k, c = 6, 0
                k -= 1
        if k != 5:
            text += chr(c + 63)
        return text

    # Test równości dwóch reprezentacji grafów.
    def __eq__(self, other):
        if self.__order != other.order():
            return False
        for v in range(1, self.__order):
            for u in range(v):
                if self.isEdge(u, v) != other.isEdge(u, v):
                    return False

        return True

    # Test różności dwóch reprezentacji grafów.
    def __ne__(self, other):
        if self.__order != other.order():
            return True
        for v in range(1, self.__order):
            for u in range(v):
                if self.isEdge(u, v) != other.isEdge(u, v):
                    return True
        return False

    def __indexInMatrix__(self, v1, v2):
        if v1 == v2:
            return -1
        v3 = 0
        v4 = 0
        if v2 > v1:
            v3 = v1
            v4 = v2
        else:
            v3 = v2
            v4 = v1
        #v3 to mniejszy, v4 to wiekszy
        index = 0
        step = 8
        for i in range(0, v3):
            index += step
            step -= 1

        return index + v4 - 1