SHOW:
|
|
- or go back to the newest paste.
| 1 | Kaip nurodomos failų grupės: | |
| 2 | [] - 1 simbolio alternatyvos išvardintos | |
| 3 | * - bet kas bet kokio ilgio | |
| 4 | ? - bet koks 1 simbolis | |
| 5 | ||
| 6 | 1A08 | |
| 7 | 1A08_ligand* failuose kelios sulietos liekanos, netgi yra lyg ir baltymo GLU102 tas aprašymas ateina is originalaus pdb. | |
| 8 | Aiškiausia palyginus ligand.png su tuo kas yra pdb puslapio paveiksluose. pdb net nenurodytas "ligand chemical component" lygtai ligandų nėra yra tik baltymo cheminė modifikacija. | |
| 9 | ||
| 10 | 1A1[BCE] | |
| 11 | Tas pats nesutapimas. Originaliam faile įrašyti 3 kovalentiškai sujungti ligandai išimti kartu, bet kaip 3 a.r. liekanos/molekulės. O pdb puslapyje nurodo 0 ligandų 2 baltymo chemines modifikacijas kaip ligando dalis, o 3 ligando dalį - a.r. ignoruoja, supainioja su peptidu. | |
| 12 | ||
| 13 | Manau visados geriausia būtų ligandą laikyti kaip 1 molekulę, o ne kaip "ligandinį tripeptidą", kas išeina iš dabartinės pdb struktūros, kad pdb duomenų bazės puslapyje išvis nenurodyti ligandai tik jų fragmentai kaip baltymo cheminė modifikacija. Tik vizualiai matosi, kad GLU102 (nr. 1A08 atv.) yra ligando dalis, o ne peptido. | |
| 14 | ||
| 15 | 1A30 | |
| 16 | - | Tripeptidinis ligandas puikiai įmaišytas į baltymo struktūrą kaip grandinė C. pdb puslapyje dėl to beveik nieko apie jį nėra. Kol kas buvo neišimtas, bet tiesiog kaip ligandą reikia išimti grandinę C. |
| 16 | + | Tripeptidinis ligandas įmaišytas į baltymo struktūrą kaip grandinė C. pdb puslapyje dėl to beveik nieko apie jį nėra. Kol kas buvo neišimtas, bet tiesiog kaip ligandą reikia išimti grandinę C. Taip peptidiniai ligandai visur įmaišyti. |
| 17 | ||
| 18 | 1ADL | |
| 19 | Gal ir gerai viskas, tik, kad čia labai įdomus ligando prisijungimas tarp fenolinio -OH ir r.r. -COOH grupių 2.7-3.6 angstremų atstumas. | |
| 20 | ||
| 21 | 1AJ6 | |
| 22 | - | ligand.png be stereochemijos likęs. |
| 22 | + | ligand.png be stereochemijos likęs. |
| 23 | Tai ir apskritai visi(?) ligand.png pametę stereochemiją. | |
| 24 | ||
| 25 | 1ANF | |
| 26 | Iš straipsnio pavadinimo matosi, kad ligandas yra maltozė. pdb faile originaliam ligandas yra 2xGLC sujungta kovalentiškai, o tai kaip ir gerai, bet pdb puslapyje apačioj ligandas jau yra gliukozė. Tai manau to 2xGLC reiktų vengti, bet gal ir gerai. | |
| 27 | ligand.png vel be stereochemijos, na čia kitur net to neminėsiu, nes visur. | |
| 28 | ||
| 29 | 1B05 | |
| 30 | Tik, kad pdb puslapyje "ligand chemical component" yra uranas. Apskritai tas kartojasi masiškai, kad pdb puslapyje pametami ligandai kurie struktūroje yra įtraukti kaip baltymo grandinė. Straipsnio pavadinime: LYS-CYS-LYS. Bet tai failuose sutvarkyta. | |
| 31 | ||
| 32 | 1B32 | |
| 33 | ||
| 34 | ||
| 35 | 1B3F | |
| 36 | Čia vėl ligandas yra įdėtas kaip baltymo grandinė b. Be to dalis jo įdėta du kartus. Matomai nenustatė kaip tiksliai jungiasi. *ligand*.pdb failuose taip ir likę, kad dalis struktūros pakartota 2x, reiktų dalį nutrinti ar išvis šito neimti. | |
| 37 | ||
| 38 | 1B3G | |
| 39 | ||
| 40 | ||
| 41 | 1B3L | |
| 42 | ||
| 43 | ||
| 44 | 1B40 | |
| 45 | ||
| 46 | ||
| 47 | 1B46 | |
| 48 | ||
| 49 | ||
| 50 | 1B4Z | |
| 51 | ||
| 52 | ||
| 53 | 1B51 | |
| 54 | ||
| 55 | ||
| 56 | 1B58 | |
| 57 | ||
| 58 | ||
| 59 | 1B5J | |
| 60 | Čia vis kartojasi tas pats baltymas OPPA su koku nors tripeptidu per visus pdb... | |
| 61 | ||
| 62 | 1BEF | |
| 63 | Straipsnis atmestas struktūra pašalinta. Tokios nėra. | |
| 64 | ||
| 65 | 1BGQ | |
| 66 | ||
| 67 | ||
| 68 | 1BVI | |
| 69 | Čia toks įdomus variantas kai prie tetramerinio baltymo prisijungia 5 ligandai. | |
| 70 | Failuose paimtas 1 atvejis. | |
| 71 | ||
| 72 | 1CE5 |
