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jhangyu

Transcripts stats

Jun 8th, 2017
111
0
Never
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CSS 0.82 KB | None | 0 0
  1. ################################
  2. ## Counts of transcripts, etc.
  3. ################################
  4. Total trinity 'genes':  48200
  5. Total trinity transcripts:  60533
  6. Percent GC: 47.30
  7.  
  8. ########################################
  9. Stats based on ALL transcript contigs:
  10. ########################################
  11.  
  12.     Contig N10: 2961
  13.     Contig N20: 2258
  14.     Contig N30: 1825
  15.     Contig N40: 1452
  16.     Contig N50: 1138
  17.  
  18.     Median contig length: 485
  19.     Average contig: 767.83
  20.     Total assembled bases: 46478908
  21.  
  22.  
  23. #####################################################
  24. ## Stats based on ONLY LONGEST ISOFORM per 'GENE':
  25. #####################################################
  26.  
  27.     Contig N10: 2691
  28.     Contig N20: 2018
  29.     Contig N30: 1550
  30.     Contig N40: 1204
  31.     Contig N50: 923
  32.  
  33.     Median contig length: 439
  34.     Average contig: 677.57
  35.     Total assembled bases: 32659049
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