condor_submit

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# get the condor dir with examples

cp -r /data/BDP1_2020/condor/ .
cd condor
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#### inspect files ##################
#### for first example ##############
cat myexec.sh
cat world.txt
vim first_batch.job
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######### check the condor cluster###
condor_status
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# now the condor submission #########
condor_submit first_batch.job

### check job status ################
condor_q
condor_q -better-analyze
condor_q -better-analyze  < jobID >
condor_history < jobID >  #for already done jobs
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### inspect out files ################
cat file1out
cat file2out
less condor.out
less condor.log
less condor.error


################  now the HG example with bwa ###############
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cd hg
vim  align.py
vim bwa_batch.job
less condor.error
less condor.log
less condor.out
cat md5.txt

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