#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
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Created on Thu May  3 11:57:45 2018

@author: Lucía
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# =============================================================================
# MAIN SCRIPT,CREATION DB, BIOLOGICAL INFO EXTRACTION AND DB INSERTION
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#Creación del objeto para escribir los mensajes informativos y de error en un fichero.

from datetime import datetime
fecha = datetime.now()

file = open('/logs/creation_main.log','a+')

file.write('\n----------------------------------')
file.write('\nCREATION\n\n'+ str())
file.write('Fecha: ' + str(fecha) + '\n\n')

#Antes de comenzar, hay que conectarse a la base de datos EDSSSDB en MySQL
import conexion_edsssdb
cnx = conexion_edsssdb.conectar('edsss_usr', 'edsssNewPwd2017', 'sql', '3306', 'edsssdb', file)

#------------------------------------------------------------------------------
#1. Proceso de creación de tablas con enfermedades y códigos de DisGeNET. Obtención
#  de la información e inserción de esta.

import extr_disgenet

#extr_disgenet.borrar_tablas_disgenet(cnx, file)
#extr_disgenet.crear_tablas_disgenet(cnx, file)
#extr_disgenet.obtener_info_disgenet(cnx, file)



#------------------------------------------------------------------------------
#2. Proceso de creación de las tablas que van a albergar la información biológica
#   en edsssdb.

import tablas_edsssdb

#tablas_edsssdb.borrar(cnx, file)
tablas_edsssdb.crear(cnx, file)



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#3. Proceso que carga la base de datos a partir de las diferentes consultas que
#   se realizan.

import consultar

consultar.panther_classes(cnx,file) #Carga tabla proteinClass
consultar.disnet_disgenet(cnx, file) #Carga tabla has_biological_info
consultar.genes(cnx, file) #Carga tablas gene y disease_gene
consultar.proteinas(cnx, file) #Carga tablas protein y encodes
consultar.clase_prot(cnx, file) #Carga tabla has_protClass
consultar.rutas(cnx, file) #Carga tablas pathway y gene_pathway
consultar.interacciones(cnx, file) #Carga tabla p_interacts_with_p

cnx.close()
file.close()