function custom_format_checkbox( $value, $field_type, $field ) {

    if ( $value == 'Yes' ) {
        $value = true;
    } elseif ( $value == 'No' ) {
        $value = false;
    }

    return $value;

}

add_filter( 'wpf_format_field_value', 'custom_format_checkbox', 20, 3 );

function wpf_load_checkboxes_yes_no( $user_meta, $user_id ) {

    foreach ( $user_meta as $key => $value ) {
        if ( $value === true ) {
            $user_meta[ $key ] = 'Yes';
        } elseif ( $value === null ) {
            $user_meta[ $key ] = 'No';
        }
    }

    return $user_meta;

}

add_filter( 'wpf_pulled_user_meta', 'wpf_load_checkboxes_yes_no', 10, 2 );