converts -SO2NH2 into -SO2NH

#!/usr/bin/perl
#VR
#keicia SO2NH2 grupe i SO2NH

use Chemistry::MacroMol;
use Chemistry::File::MDLMol;

if(!-d "anijon_ligandai") {
mkdir("anijon_ligandai", 0777);
}

while (@ARGV[$x]) {
$macromol = Chemistry::MacroMol->read("@ARGV[$x]");
print "\nKeiciamas ", @ARGV[$x], ": ";
keisti();
$x++;
}

sub keisti {

#surenkami visi S atomai
@all_atoms = $macromol->atoms;
$a = 0;
@S = ();
while (@all_atoms[$a]) {
push(@S, @all_atoms[$a]) if (@all_atoms[$a]->symbol eq 'S');
$a++;
}

#randami 6valenciu S atomu kaimynai
@Skaimynai = ();
$b = 0;
while (@S[$b]) {
push (@Skaimynai, @S[$b]->neighbors) if (@S[$b]->valence == 6);
$b++;
}
#print "Skaimynai ", @Skaimynai;

#isrenkami kaimynai N
@kaimynaiN = ();
$c = 0;
while (@Skaimynai[$c]) {
push(@kaimynaiN, @Skaimynai[$c]) if (@Skaimynai[$c]->symbol eq 'N');
$c++;
}
#print " kaimynaiN ", @kaimynaiN;

#randami ju kaimynai
@Nkaimynai = ();
$d = 0;
while (@kaimynaiN[$d]) {
  @Nkaimynai = @kaimynaiN[$d]->neighbors;
  #isrenkami kaimynai H kuriu turi buti 2
  @kaimynaiH = ();
  $e = 0;
  while (@Nkaimynai[$e]) {
  push(@kaimynaiH, @Nkaimynai[$e]) if (@Nkaimynai[$e]->symbol eq 'H');
  $e++;
  }
  #print " kaimynaiH ", @kaimynaiH;
  if (@kaimynaiH == 2) {
  @kaimynaiH[0]->delete;
  $out = @ARGV[$x];
  $macromol->write("anijon_ligandai/${out}");
  $macromol = ();
  print "OK!";
  last;
  }
  $d++;
  @Nkaimynai = ();
}
#print " Nkaimynai ", @Nkaimynai;

print "\n";
}