#Módulo: consulta.py
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def interacciones(cnx, file):
    """Función que a partir de la lista de proteínas que se han insertado en la
    BD, va consultando las interacciones entre proteínas. Solo se insertarán
    aquellas de las que se disponga información de las dos proteínas.
    """


    cnx.autocommit = True
    cursor = cnx.cursor(buffered = True)

    mysql_query = ("""
                   SELECT protein.uniprot_id
                   FROM edsssdb.protein;
                   """)
    #Consulta a la base de datos edsssdb que devuelve los identificadores de los
    #las proteínas que han sido añadidas previamente.

    cursor.execute(mysql_query)
    data=cursor.fetchall()

    file.write("\nCargando tabla p_interacts_with_p: ")

    prots = []
    for row in data:
        prot = row[0]
        prots.append(prot)


    import time
    from bioservices import PSICQUIC

    inters = []

    for i in range(len(prots)):
        p = prots[i]
        identif = 'identifier:' + str(p)


        if i == 3000 or i == 6000 or i == 9000:
            time.sleep(7)

        s = PSICQUIC(verbose = False)
        q = s.query("intact", identif, "tab25")


        if q!=[['']]:

            for i in range(len(q)):
                idA = q[i][0]
                idA = idA[10:len(idA)]
                idB = q[i][1]
                idB = idB[10:len(idB)]
                score = q[i][14]
                score = score[(len(score)-4):len(score)]

                if idA in prots and idB in prots:
                    #Hay que comprobar que hemos insertado previamente las
                    #2 proteinas. Si no tenemos informacion de las dos en la
                    #BD no vamos a incluir la interaccion.

                    if not [idA,idB] in inters and not [idB,idA] in inters:
                        #La interaccion p1-p2 es la misma que p2-p1, con lo que
                        #tenemos que tener en cuenta esto para no introducir
                        #duplicados.
                        inters.append([idA,idB])

                        try:
                            insertar_edsssdb.inserta_en_p_interacts_with_p(idA, idB, score, cnx)
                        except mysql.connector.Error as err:
                            file.write(str(err.msg))


    file.write('OK')

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